根据两地政府的要求，粤港海关在框架协议的起草过程中多次进行沟通，共同推出的多项措施在海关总署审定认可后均在本框架协议内得到体现。
查验结果参考互认范围进一步扩展 在现行X光机查验结果互认及口岸范围（目前是深港陆路口岸、东莞部分车检场）基础上，将陆路货物查验结果参考互认范围逐步扩展到省内主要车检场，同时查验结果的内涵可扩充至包含X光机查验结果和人工查验结果；将水运货物X光机查验结果参考互认扩展到省内主要港口。
探索跨境快速通关的可行性 在现有的试点基础上继续不断扩大试点规模和范围：在境内段，在广东省内日均车流量超过100辆次的海关货柜车检查场，以及深圳皇岗、深圳湾等公路口岸推广跨境快速通关模式。与此同时，加强应急保障、运行维护方面的基础建设，大力推进广东省内海关物流监控信息化进程。境外段部分，将在香港运作成熟的前提下，实现从香港装货地至内地卸货地的全程跨境快速通关，进一步提高通关效率，便利粤港两地跨境物流运转，促进粤港两地经济健康快速发展。
推动电子申报资料格式统一 舱单数据电子传输是世界海关组织所倡导的技术手段之一。粤港海关双方将以世界海关组织制定的数据格式标准为基础，开发信息应用系统中有关电子舱单的数据格式设计，便利业界一次输入货物资料，使用同一电子数据分别向双方海关申报，降低企业行政成本，提高物流效率。（陈琳）
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跨境快速通关 指两地海关在统一载货清单、参考互认查验结果和数据共享的基础上，通过提前申报电子载货清单和在运输车辆上加装全球卫星定位系统(GPS)和电子关锁，海关实现对转关运输车辆及所载货物的电子实时监控。当货拒车到达口岸海关监管区卡口时，“跨境快速通关系统”卡口设备对其进行电子检测，在各种监控数据正常的情况下自动核放，从而实现粤港跨境货物在口岸海关的快速通过。系统的应用避免了人工办理转关带来的繁琐手续，大大地提高货物的通关效率。